1997 verkündeten die Agenturen zum zweiten Mal den Sieg der "Out of Africa"-Hypothese über die Theorie der "Multiregionalisten". Zum zweiten Mal deswegen, weil bereits sieben Jahre vorher Ergebnisse von Rebecca Caan und anderen Genetikern der Universität Kalifornien starke Belege für das monogenetische Modell geliefert hatten. Die Amerikaner hatten die Mitochondrien-DNA von über 100 Menschen aus vier Kontinenten und ethnischen Gruppen untersucht und verglichen, um herauszubekommen, wann ihr letzter gemeinsamer Vorfahre gelebt hatte.

Mitochondrien sind Organellen der Zellen. Meistens werden sie als die "Kraftwerke" der Zellen bezeichnet, weil in ihnen die Zellatmung abläuft, also Energie gewonnen wird. Obwohl diese Organellen sich in der Zelle befinden, besitzen sie eigene DNA, die sogenannte mitochondriale-DNA (mtDNA). Vermutlich haben Mitochondrien eine eigene DNA, weil sie ursprünglich selbst Einzeller waren, die irgendwann von anderen größeren Einzellern vereinnahmt wurden, und mit ihnen eine symbiontische Lebensgemeinschaft eingingen.

Weil diese DNA nur über die Mitochondrien der Weibchen einer Art vererbt wird (sie entstammt der Eizelle, ein Spermium liefert nur Kern-DNA), wird sie nicht durch "Fremd"-DNA "eines männlichen Paarungspartners verunreinigt. Das bedeutet, daß Veränderungen an ihr allein durch Mutationen entstehen und nicht durch die Rekombination mit der DNA des Partners.

Wie jede DNA unterliegt auch die Mitochondrien-DNA einer gewissen Mutationsrate. Wenn man davon ausgeht, daß diese Rate relativ konstant ist und regelmäßig auftritt, kann man anhand der Unterschiede in den Sequenzen nahe verwandter Organismen berechnen, wann die Auftrennung der beiden Arten vom gemeinsamen Vorfahren stattgefunden hat. Die mtDNA funktioniert als sogenannte "molekulare Uhr".

Rebecca Caan und ihre Kollegen untersuchten die mtDNA-Sequenzen ihrer Probanden auf solche Unterschiede mit Hilfe von Computern. Das Ergebnis war eine echte Überraschung: Die Aufspaltung aus der gemeinsamen Quelle fand nach ihren Ergebnissen erst vor 200.000 Jahren statt. Das war aber viel zu spät, um die Ausbreitung und Auftrennung des Homo erectus zu repräsentieren. Die Befürworter der "Out of Africa"-Hypothese fanden sich bestätigt, und die Begriffe "mitochondrialen Eva" und "Wiege in Afrika" machten die Runde.

1992 stellten mehrere Forscher die Ergebnisse in Frage. Sie kritisierten vor allem die Methode an sich. Vor allem bezweifelten sie die Verläßlichkeit der mtDNA als "molekulare Uhr". Die Vertreter der "multiregionalen Theorie" wurden durch die heftige Kritik ermuntert, wieder lauter auf ihre Hypothese zu verweisen. Sie beharrten darauf, daß die Fossilien den rechten Weg dokumentierten. Bestimmte Fossilien in verschiedenen Regionen der Welt interpretierten sie als Bindeglieder zwischen regionalen Versionen des archaischen Homo sapiens und den gegenwärtigen Eingeborenen dieser Kontinente.