Einen außergewöhnlichen Stellenwert erhält die Ressource Wasser im Jordanbecken durch die schwerwiegenden politischen Konflikte zwischen Israelis und Arabern im Zusammenhang mit der Gründung des Staates Israel nach dem zweiten Weltkrieg und der nach wie vor ungelösten Palästinafrage.

Der Wasserkonflikt im Jordanbecken ist deshalb auch so alt wie das Land Israel selber. Schon 1951 kam es zu ersten militärischen Auseinandersetzungen zwischen Syrien und Israel, nachdem die Israelis mit dem Bau des transnationalen Wasserleiters (National Water Carrier) vom oberen Jordan bis in die Negev-Wüste begonnen hatten. Die Situation eskalierte aber erst in den Jahren 1964-1967 im Zusammenhang mit einem arabischen Projekt, das vorsah, die Jordanquellflüsse Banias und Hasbani in den Yarmuk umzuleiten und so dem Jordan - und damit Israel - wesentliche Teile des Wasserangebotes vorzuenthalten.

Israel besetzte daraufhin im Rahmen des 6-Tage-Krieges unter anderem die Golan-Höhen und bekam so die Kontrolle über alle Quellen des Jordan und Teile des Nordufers des Yarmuk. Die wasserstrategische Situation der Anrainer des Jordan hatte sich auf einen Schlag erheblich verändert. Israel war in der Lage, nach eigenem Gutdünken das Wasser zu verteilen und Wassernutzungsprojekte in den anderen Anrainerstaaten zu verhindern. Dies galt insbesondere für den geplanten, für Jordanien so wichtigen Staudammbau am Yarmuk. Immer wieder aufkommende diplomatische Proteste und militärische Drohungen waren die Folge.

Israel nutzte das Wasser des Jordans in den folgenden Jahren in starkem Umfang. 490 Mio. m3 pro Jahr werden seit der Fertigstellung des National Water Carrier von Israel allein aus dem See Tiberias Jahr für Jahr abgepumpt. Bei einem jährlichen Wasserdurchfluß des Jordan von 1200 Mio. m3 - unter natürlichen Bedingungen - eine riesige Menge. Diese dien(t)en vornehmlich zur Bewässerung der Felder in der Negev-Wüste und zur Versorgung der Großstädte. Da auch Syrien (Dämme im Bereich der Yarmuk-Quellflüsse) und Jordanien (Wasserentnahme südlich des Zusammenflusses von Jordan und Yarmuk) das kostbare Naß in eigenen Projekten nutzen, bleiben nach der Wassernutzung durch die Anrainerstaaten nur noch kümmerliche 200 Millionen Kubikmeter Jordanwasser pro Jahr übrig, die in das Tote Meer fließen.

Auch die wichtigsten Aquifere der Region, größtenteils erneuerbare Wasserquellen, die durch Regenanreicherung gespeist werden, nutzten und nutzen die Israelis überproportional. Dabei liegen große Teile der Grundwasserreservoire in der Westbank. Durch die einseitige Wasserverteilung hatten die dort lebenden Palästinenser lediglich ein Drittel von der Wassermenge zur Verfügung, die die israelischen Siedler verbrauchten. Auch das ist ein Grund für die immer wieder aufflammenden militärischen Konflikte in der Region.